肠结核的治疗目的是消除症状、改善全身情况、促使病灶愈合及防治并发症。因为肠结核早期病变是可逆的，故强调早期治疗。

      1.休息与营养
       休息与营养可以加强患者的抵抗力，是治疗的基础。
       2.抗结核化学药物治疗
       抗结核化学药物异烟肼(H)，利福平(R)，吡嗪酰胺(Z)，链霉素(S)，乙胺丁醇等,抗结核是肠结核病治疗的关键。
       3.对症治疗
       腹痛可用抗胆碱能药物。对不完全性肠梗阻患者，需进行胃肠减压。摄入不足或腹泻严重者应注意纠正水、电解质与酸碱平衡紊乱。
       4.手术治疗
       适应证包括：①急性肠穿孔，或慢性肠穿孔瘘管形成经内科治疗而未能闭合者；②完全性肠梗阻；③肠道大量出血经积极抢救不能有效止血者；④诊断困难需剖腹探查者。
       5中医治疗
       随着耐药性结核病的增加，而新的特效抗结核药物尚未研发出来，人们开始从中医药中寻找解决问题的答案。现在许多医务工作者已经开始了这方面的实践，并且部分已经取得了很好的效果，特别是对于那些因不能耐受西药毒副作用或对西药过敏者，无疑寻找到了另一种新的有效的治疗方法。目前国内在这方面有初步成效的，如回生灵系列疗法中的肠结核中医疗法，据临床观察，对肠结核病灶的修复，提高人体的免疫力方面有确切的效果，同时还有抑制结核菌的作用。无疑为肠结核的治疗开创了一个新的道路。
       需要中药治疗的肠结核患者:用西药后出现副作用者；用西药治疗疗效差；对抗痨西药耐药者；合并有糖尿病、矽肺、支气管扩张等并发病；过敏者体质者；特殊患者人群，如孕妇、儿童、老人、家族性的患者，如一家多人同时或先后患病；已完成西药方案规定的疗程，但仍有低热、盗汗、胸痛、乏力、食欲不佳等不适感者、易感冒的患者。
       6中西药结核治疗
       抗结核治疗对于肠结核的治疗是非常重要和必不可少的，须全程足量。中药辨证论治方药在减轻症状、增强体质方面有很好的效果，不可忽视。二者有机的结合起来，才是最佳方案。当发生严重并发症时，应及时手术治疗。